En el ámbito de la historia, el proyecto de la Fundación Obra Pía de los Pizarro también se desarrolla sobre la base de una visión amplia de las sociedades integradas en el espacio cultural hispánico y de sus identidades, que abarca, además del importante periodo de historia compartida, las realidades anteriores a la Monarquía Hispánica y las posteriores republicanas. Ello mediante la participación y promoción de iniciativas, proyectos y actividades que contribuyan a la investigación, conocimiento, difusión y puesta en valor de esa historia y el patrimonio histórico que la sustenta, supongan aportaciones relevantes para sus sociedades y sus futuras generaciones, y contribuya a fomentar el conocimiento mutuo y entendimiento.

La Fundación lleva a cabo distintas iniciativas dirigidas a la consecución de los mencionados objetivos, entre las que destacan la convocatoria anual de la jornada España y América: el valor de una historia compartida, la implementación del área de Estudios Pizarrenses en el centro de Estudios Indianos de la Universidad del Pacífico (Lima), la participación en proyectos de recuperación de patrimonio histórico y las publicaciones del área Historia Panhispánica de la editorial Palacio de los Barrantes-Cervantes.